Xã Khánh Trung nằm ở phía đông huyện Yên Khánh, cách trung tâm thành phố Ninh Bình 17 km, có vị trí địa lý:

• Phía đông giáp sông Đáy
• Phía nam giáp các xã Khánh Công và Khánh Thành
• Phía tây giáp xã Khánh Mậu
• Phía bắc giáp xã Khánh Cường.

Xã Khánh Trung có diện tích 11,02 km², dân số là 11.220 người[1], mật độ dân số đạt 1.018 người/km².